A principal instância do Congresso é o Conselho Científico, que tem fundamental importância no processo de concepção do congresso na formulação de políticas científicas e estratégicas, pois é constituído por acadêmicos seniores do EAC/FEA/USP e pesquisadores nacionais e internacionais. O Conselho Científico tem relevância na definição das diretrizes estratégicas para o congresso recente, bem como para congressos futuros, delineando as perspectivas de melhorias para os próximos anos.

O Comitê Científico tem por objetivo assegurar a qualidade e a isenção no processo de avaliação e julgamento dos trabalhos submetidos e aprovados para apresentação no congresso. O Comitê é dividido em Coordenadores de Áreas Temáticas, além dos Coordenadores de Pós e Graduação.

O Conselho Técnico-profissional é composto por profissionais de destacada importância na prática de alto nível da contabilidade controladoria e auditoria e tem como função garantir a adequação dos temas e discussões às demandas práticas dos usuários e preparadores da informação contábil.